Decyzją Heinricha Himmlera z października 1944 r. Warszawa jako miasto, które ośmieliło się stawić opór niemieckiemu najeźdźcy, miała być zrównana z ziemią. Rozpoczęła się kolejna odsłona zagłady miasta. Po zniszczeniach z początku wojny i wyburzaniu Warszawy po powstaniu w getcie ten akord stał się najbardziej dramatyczny. Jesienią i zimą 1944 r. Niemcy dokonali zniszczenia substancji miasta. Jednocześnie w gruzach i płomieniach zginął dorobek naukowy i artystyczny kilku pokoleń mieszkańców Warszawy. Symbolem tego procesu było ostateczne wysadzenie Zamku Królewskiego i Pałacu Saskiego. W styczniu 1945 r. miasto było zniszczone w ponad 80%, ulice pokrywały miliony metrów sześciennych gruzu.
W warunkach trwającej wojny jedyną gwarancją odbudowy miasta było utrzymanie Warszawy stolicą i siedzibą władz centralnych. Tylko to mogło spowodować skierowanie odpowiednio dużych środków na podźwignięcie miasta z ruin.
Jeszcze we wrześniu 1944 r. pierwszą decyzję w tej sprawie podjął Resort Gospodarki Narodowej i Finansów Polskiego Komitetu Wyzwolenia Narodowego w Lublinie, powołując do życia Dział Odbudowy pod kierunkiem Józefa Sigalina, przekształcony w listopadzie 1944 r. w Biuro Planowania i Odbudowy. Zanim z Warszawy wyszła armia niemiecka i weszły 1 Armia Wojska Polskiego oraz Armia Czerwona, 3 stycznia 1945 r. Krajowa Rada Narodowa z Bolesławem Bierutem podjęli uchwałę o pozostawieniu Warszawy stolicą Polski, a 10 dni później decyzję tę podtrzymał Rząd Tymczasowy Rzeczypospolitej Polskiej z Edwardem Osóbką-Morawskim na czele.